瓦格納（Wagner Group）兵變雖然持續不到24小時就結束，但影響力一直持續至今。兵變中的幾個謎團也始終備受關注。
首先是瓦格納對俄政權究竟構成多大威脅。普京急匆匆接受斡旋，讓外界質疑他的政治控制力被削弱。最新消息指，瓦格納曾試圖控制俄羅斯的核武器，並出現在「佛洛尼斯-45」（Voronezh-45）核基地附近。
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路透社7月10日報導說，6月24日兵變當天，當瓦格納大部隊挺進莫斯科時，另一個車隊卻向東駛往核基地。最後可以追蹤的信號顯示，這隊瓦格納軍曾出現在距離「佛洛尼斯-45」核基地約100公里處。但這是因為在農村地區，很難追蹤他們的行蹤。而據烏克蘭國防部情報總局（HUR）局長布達諾夫（Kyrylo Budanov）向路透社透露，當時瓦格納部隊實際上已經抵達這個核基地，目標正是奪取蘇聯時代研發的小型核裝置，藉此「提高叛變的籌碼」。但布達諾夫說，最終瓦格納沒有達到目的，因為「倉庫的門是關著的，他們沒能進入技術區」，拿不到核武器。
一名與克里姆林宮關係密切，且具備軍事背景的消息人士，證實了布達諾夫的部分說法。這位消息人士表示，一支瓦格納特遣隊曾「設法進入了一個敏感區域，因為那裡儲存了核武器，這一度讓美國感到不安」。
被俄羅斯佔領的烏東地區一位知情人士告訴路透社，這也引起普京的擔憂，他因此接受了白俄羅斯總統盧卡申科的斡旋。
不過，美國的專家對這個說法表示懷疑。科學家聯盟（Federation of American Scientists）核武專家馬特·科達（Matt Korda）認為，「私人組織『幾乎不可能』破壞俄羅斯的核安全。即使瓦格納有數千人馬，但當中不太可能有人知道如何啟動核武器。」
科達進一步解釋，就算瓦格納到手，他們也會發現核武器處於「未組裝狀態」，因為「核武需要通過專門的安裝設備，並成功解鎖相關許可才能完成組裝，除非負責保護俄羅斯核武安全的第十二局（12th Directorate）願意幫忙。」
這次兵變另一個謎團是，瓦格納首腦普里格津（Yevgeny Prigozhin）究竟身在何處。白俄羅斯總統盧卡申科7月6日曾公開表示，普里格津已經返回俄羅斯，而且是自由人。
俄國社交媒體上最近有很多普里格津出現在聖彼得堡的消息，不過法國《解放報》（Libération）9日獨家爆料說，普里格津從7月1日起就被「關押」在克里姆林宮。
《解放報》引述西方匿名情報來源說，普里格津攜親信指揮官，7月1日抵達莫斯科，與對手談判。克里姆林宮的談判代表，是忠於普京近衞軍總司令佐洛托夫（Viktor Zolotov），與對外情報局局長納雷什金（Sergei Naryshkin），之後普里格津等人就一直被「關押」在克里姆林宮，但據西方情報消息，普里格津一行人在莫斯科不會有事。
在上述消息被曝光之後，克里姆林宮改變了說辭。稍早前普京的新聞秘書佩斯科夫（Dmitry Peskov）被問到普里格津的下落時，曾表示莫斯科「既沒有能力，也沒有意願」追蹤普里格津。但7月10日，據俄羅斯衛星通訊社報導，佩斯科夫承認，在6月29日，也就是兵變後第5天，普京在克里姆林宮召見了普里格津和瓦格納軍官，共35人參加會議。佩斯科夫說會談持續了3小時，但他沒有提供進一步細節。
